Fernández je prezývaný „pápežov teológ“, keďže sa predpokladá, že Františkovi pomáhal pri písaní niektorých jeho najdôležitejších dokumentov. Mnohí totiž veria, že je jedným z kľúčových autorov pápežovej exhortácie Radosť lásky (Amoris laetitia) z roku 2016, ktorá podľa AP otvára dvere k tomu, aby mohli eucharistiu prijímať aj rozvedení katolíci. Ak by toto bolo niekedy v budúcnosti kodifikované v katolíckom učení, rozhnevalo by to mnohých konzervatívcov.
Kongregácia pre náuku viery dohliada na dodržiavanie katolíckej doktríny a trestá teológov, o ktorých sa domnieva, že sa od nej vo svojich publikáciách a prednáškach odklonili. Dôležitosť tohto vatikánskeho úradu narástla po tom, čo sa po celom svete začali objavovať prípady pedofílie a sexuálneho obťažovania zo strany duchovných. Medzi zodpovednosti kongregácie totiž patrí aj vyhodnocovanie obvinení zo sexuálneho obťažovania vznesených proti duchovným.
Fernández je v súčasnosti arcibiskupom argentínskeho mesta La Plata a na pozícii prefekta Kongregácie pre náuku viery nahradí španielskeho teológa kardinála Luisa Ladariu Ferrera. Ten bol do funkcie vymenovaný v roku 2017 po tom, František neobnovil mandát nemeckému kardinálovi Gerhardovi Müllerovi, ktorého do funkcie vymenoval pápež Benedikt XVI. považovaný za obľúbenca konzervatívcov.
